MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis plasmid pSW4

Total Repeats: 167

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012625	TGG	2	6	12	17	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_012625	TGG	2	6	34	39	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012625	TGG	2	6	56	61	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_012625	TGG	2	6	78	83	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_012625	A	6	6	111	116	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_012625	TATCT	2	10	241	250	20 %	60 %	0 %	20 %	228292901
7	NC_012625	A	6	6	257	262	100 %	0 %	0 %	0 %	228292901
8	NC_012625	GTT	2	6	396	401	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228292901
9	NC_012625	AT	3	6	476	481	50 %	50 %	0 %	0 %	228292901
10	NC_012625	T	6	6	522	527	0 %	100 %	0 %	0 %	228292901
11	NC_012625	T	8	8	580	587	0 %	100 %	0 %	0 %	228292901
12	NC_012625	ATTG	2	8	632	639	25 %	50 %	25 %	0 %	228292901
13	NC_012625	T	6	6	693	698	0 %	100 %	0 %	0 %	228292901
14	NC_012625	A	7	7	726	732	100 %	0 %	0 %	0 %	228292901
15	NC_012625	AAC	2	6	851	856	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228292901
16	NC_012625	GT	4	8	1018	1025	0 %	50 %	50 %	0 %	228292901
17	NC_012625	A	6	6	1117	1122	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_012625	TCT	2	6	1147	1152	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228292902
19	NC_012625	TCT	2	6	1164	1169	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228292902
20	NC_012625	ATC	2	6	1194	1199	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228292902
21	NC_012625	GA	3	6	1333	1338	50 %	0 %	50 %	0 %	228292902
22	NC_012625	CCA	2	6	1363	1368	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	228292902
23	NC_012625	TAA	2	6	1456	1461	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228292902
24	NC_012625	TCTG	2	8	1470	1477	0 %	50 %	25 %	25 %	228292902
25	NC_012625	GAAA	2	8	1496	1503	75 %	0 %	25 %	0 %	228292902
26	NC_012625	TTG	2	6	1511	1516	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228292902
27	NC_012625	CCT	2	6	1566	1571	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	228292902
28	NC_012625	T	8	8	1612	1619	0 %	100 %	0 %	0 %	228292902
29	NC_012625	AGGA	2	8	1629	1636	50 %	0 %	50 %	0 %	228292902
30	NC_012625	A	6	6	1688	1693	100 %	0 %	0 %	0 %	228292902
31	NC_012625	TGC	2	6	1784	1789	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	228292902
32	NC_012625	AAG	2	6	1816	1821	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228292902
33	NC_012625	T	6	6	1838	1843	0 %	100 %	0 %	0 %	228292902
34	NC_012625	GATTA	2	10	1856	1865	40 %	40 %	20 %	0 %	228292902
35	NC_012625	A	6	6	1932	1937	100 %	0 %	0 %	0 %	228292902
36	NC_012625	TGTT	2	8	1962	1969	0 %	75 %	25 %	0 %	228292902
37	NC_012625	ATA	2	6	1989	1994	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228292902
38	NC_012625	TGC	2	6	2097	2102	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	228292902
39	NC_012625	AAT	2	6	2173	2178	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_012625	GTT	2	6	2182	2187	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_012625	T	7	7	2209	2215	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_012625	GTT	2	6	2274	2279	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228292903
43	NC_012625	TCA	2	6	2355	2360	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228292903
44	NC_012625	GCG	2	6	2442	2447	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	228292903
45	NC_012625	ATG	2	6	2492	2497	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	228292903
46	NC_012625	GAT	2	6	2545	2550	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	228292903
47	NC_012625	GT	3	6	2557	2562	0 %	50 %	50 %	0 %	228292903
48	NC_012625	GAA	2	6	2569	2574	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228292903
49	NC_012625	AT	3	6	2732	2737	50 %	50 %	0 %	0 %	228292903
50	NC_012625	A	8	8	2772	2779	100 %	0 %	0 %	0 %	228292903
51	NC_012625	TTCT	2	8	2808	2815	0 %	75 %	0 %	25 %	228292903
52	NC_012625	TGA	2	6	2847	2852	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	228292903
53	NC_012625	AGC	2	6	2892	2897	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	228292903
54	NC_012625	TTG	2	6	3008	3013	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228292903
55	NC_012625	ATT	2	6	3019	3024	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228292903
56	NC_012625	TC	3	6	3069	3074	0 %	50 %	0 %	50 %	228292903
57	NC_012625	AGA	2	6	3078	3083	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228292903
58	NC_012625	ATT	2	6	3084	3089	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228292903
59	NC_012625	AGA	2	6	3096	3101	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228292903
60	NC_012625	CTTAA	2	10	3160	3169	40 %	40 %	0 %	20 %	228292903
61	NC_012625	AGA	2	6	3198	3203	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228292903
62	NC_012625	AT	3	6	3284	3289	50 %	50 %	0 %	0 %	228292903
63	NC_012625	GTTT	2	8	3334	3341	0 %	75 %	25 %	0 %	228292903
64	NC_012625	AGGA	2	8	3454	3461	50 %	0 %	50 %	0 %	228292903
65	NC_012625	TCT	2	6	3466	3471	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228292903
66	NC_012625	A	6	6	3565	3570	100 %	0 %	0 %	0 %	228292903
67	NC_012625	TCA	2	6	3598	3603	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228292904
68	NC_012625	GAA	2	6	3637	3642	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228292904
69	NC_012625	TTTC	2	8	3714	3721	0 %	75 %	0 %	25 %	228292904
70	NC_012625	AGC	2	6	3740	3745	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	228292904
71	NC_012625	GTT	2	6	3795	3800	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228292904
72	NC_012625	GGAT	2	8	3834	3841	25 %	25 %	50 %	0 %	228292904
73	NC_012625	AAG	2	6	3934	3939	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228292904
74	NC_012625	TAG	2	6	4030	4035	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	228292904
75	NC_012625	GAA	2	6	4098	4103	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228292904
76	NC_012625	ATATAG	2	12	4105	4116	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	228292904
77	NC_012625	CAC	2	6	4135	4140	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	228292904
78	NC_012625	CAG	2	6	4303	4308	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	228292904
79	NC_012625	TTA	2	6	4362	4367	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228292904
80	NC_012625	AACGTT	2	12	4368	4379	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	228292904
81	NC_012625	AT	3	6	4391	4396	50 %	50 %	0 %	0 %	228292904
82	NC_012625	A	7	7	4434	4440	100 %	0 %	0 %	0 %	228292904
83	NC_012625	AGA	2	6	4497	4502	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228292904
84	NC_012625	TTC	2	6	4523	4528	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228292904
85	NC_012625	CT	3	6	4533	4538	0 %	50 %	0 %	50 %	228292904
86	NC_012625	A	6	6	4539	4544	100 %	0 %	0 %	0 %	228292904
87	NC_012625	TAAA	2	8	4558	4565	75 %	25 %	0 %	0 %	228292904
88	NC_012625	GAA	2	6	4575	4580	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228292904
89	NC_012625	ATTA	2	8	4620	4627	50 %	50 %	0 %	0 %	228292904
90	NC_012625	ATTT	2	8	4654	4661	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_012625	A	6	6	4674	4679	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_012625	ATA	2	6	4742	4747	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228292905
93	NC_012625	AAT	2	6	4788	4793	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228292905
94	NC_012625	ACA	2	6	4801	4806	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228292905
95	NC_012625	AAT	2	6	4864	4869	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228292905
96	NC_012625	TCA	2	6	4870	4875	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228292905
97	NC_012625	TTG	2	6	4976	4981	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228292905
98	NC_012625	TTG	2	6	5035	5040	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228292905
99	NC_012625	AAC	2	6	5050	5055	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228292905
100	NC_012625	TAA	2	6	5067	5072	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228292905
101	NC_012625	AGG	2	6	5121	5126	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	228292905
102	NC_012625	CAG	2	6	5186	5191	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	228292905
103	NC_012625	ATT	2	6	5194	5199	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228292905
104	NC_012625	GGC	2	6	5215	5220	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	228292905
105	NC_012625	GTT	2	6	5221	5226	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228292905
106	NC_012625	TCA	2	6	5281	5286	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228292905
107	NC_012625	T	6	6	5451	5456	0 %	100 %	0 %	0 %	228292905
108	NC_012625	CAAA	2	8	5470	5477	75 %	0 %	0 %	25 %	228292905
109	NC_012625	AAAAG	2	10	5563	5572	80 %	0 %	20 %	0 %	228292906
110	NC_012625	TTA	2	6	5585	5590	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228292906
111	NC_012625	A	6	6	5608	5613	100 %	0 %	0 %	0 %	228292906
112	NC_012625	CAA	2	6	5725	5730	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228292906
113	NC_012625	ATT	2	6	5748	5753	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228292906
114	NC_012625	A	6	6	5802	5807	100 %	0 %	0 %	0 %	228292906
115	NC_012625	T	6	6	5903	5908	0 %	100 %	0 %	0 %	228292907
116	NC_012625	GGA	2	6	5920	5925	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	228292907
117	NC_012625	ACA	2	6	5935	5940	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228292907
118	NC_012625	A	6	6	5983	5988	100 %	0 %	0 %	0 %	228292907
119	NC_012625	TCT	2	6	6025	6030	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228292907
120	NC_012625	ATCA	2	8	6102	6109	50 %	25 %	0 %	25 %	228292907
121	NC_012625	A	7	7	6120	6126	100 %	0 %	0 %	0 %	228292907
122	NC_012625	CAT	2	6	6149	6154	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228292907
123	NC_012625	AAC	2	6	6202	6207	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228292907
124	NC_012625	ATA	2	6	6256	6261	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228292907
125	NC_012625	CCTAG	2	10	6271	6280	20 %	20 %	20 %	40 %	228292907
126	NC_012625	AAG	2	6	6293	6298	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228292907
127	NC_012625	TTG	2	6	6302	6307	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228292907
128	NC_012625	AATT	2	8	6317	6324	50 %	50 %	0 %	0 %	228292907
129	NC_012625	TTCTA	2	10	6348	6357	20 %	60 %	0 %	20 %	228292907
130	NC_012625	TCGG	2	8	6388	6395	0 %	25 %	50 %	25 %	228292907
131	NC_012625	GAA	3	9	6403	6411	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228292907
132	NC_012625	GAT	2	6	6442	6447	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	228292907
133	NC_012625	TA	3	6	6469	6474	50 %	50 %	0 %	0 %	228292907
134	NC_012625	T	6	6	6506	6511	0 %	100 %	0 %	0 %	228292907
135	NC_012625	CAA	2	6	6512	6517	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228292907
136	NC_012625	TCG	2	6	6522	6527	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	228292907
137	NC_012625	TC	3	6	6535	6540	0 %	50 %	0 %	50 %	228292907
138	NC_012625	TCT	2	6	6549	6554	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228292907
139	NC_012625	AGA	2	6	6558	6563	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228292907
140	NC_012625	AGA	2	6	6600	6605	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228292907
141	NC_012625	A	7	7	6692	6698	100 %	0 %	0 %	0 %	228292908
142	NC_012625	T	6	6	6711	6716	0 %	100 %	0 %	0 %	228292908
143	NC_012625	A	8	8	6717	6724	100 %	0 %	0 %	0 %	228292908
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147	NC_012625	AAG	2	6	6868	6873	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228292908
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149	NC_012625	A	6	6	6946	6951	100 %	0 %	0 %	0 %	228292908
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153	NC_012625	CCAA	2	8	7087	7094	50 %	0 %	0 %	50 %	228292908
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158	NC_012625	CAT	2	6	7340	7345	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228292908
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162	NC_012625	TCC	2	6	7425	7430	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
163	NC_012625	AT	6	12	7439	7450	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_012625	TAT	2	6	7452	7457	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_012625	AT	6	12	7456	7467	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
166	NC_012625	GATTT	2	10	7473	7482	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
167	NC_012625	GA	4	8	7486	7493	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.